MacGyver est plus que jamais tiraillé entre ses histoires de famille qui le lient à Codex et son engagement au service de la Fondation Phoenix. L'organisation criminelle cherche à le recruter. Au sein de sa propre équipe, certains se mettent à douter de sa loyauté. Mac apprend, par sa tante Gwen, que sa mère ne serait peut-être pas morte d'un cancer...