Lorsqu'un membre du Challenge Center est impliqué dans le meurtre d'un policier, MacGyver, qui est convaincu de son innocence, a très peu de temps pour réunir les preuves. Durant son enquête, il découvre que l'arme du crime a déjà servi plusieurs fois, notamment pour l'assassinat d'un candidat aux présidentielles, vingt ans plus tôt...