A Kiel, en Allemagne, la Kriegsmarine fait tout pour entretenir une image forte, en accueillant la Marine impériale japonaise notamment. Dans un U-Boot flambant neuf, le commandant Ehrenberg, de retour en service à bord d'un sous-marin, fait la connaissance du jeune officier, Franz Buchner, qui s'est vu confier le commandement du submersible. Mais son manque d'assurance et d'expérience en font une cible facile pour les sous-mariniers à bord. Et alors qu'ils doivent rejoindre la bataille de l'Atlantique, il finit par se faire épauler par Ehrenberg. La bande originale de la saison 3 a été récompensée aux 13e Hollywood Music in Media Awards. Le U-949 arrive au Portugal, où l'or est enfin déchargé. Soudoyé avec quelques lingots, Da Costa soutient Hoffmann et Forster dans leur tentative de rencontrer Wilhelm. Avec l'aide de Gruber, qu'il n'hésite pas à menacer, Hoffmann peut rentrer en Allemagne en héros. Ehrenberg revient sain et sauf à Kiel.