Dans un village d'Iwa devenu désert, Boruto et Sarada se retrouvent manipulés comme des marionnettes par Kirara. Pendant ce temps, dans son laboratoire souterrain, l'inquiétant docteur s'apprête à extraire les cœurs des cinq humains qui ont été capturés. Assigné à résidence, le vieil Ônoki pourra-t-il empêcher Kû de mettre son funeste plan à exécution ?