L'école Pokémon accueille un professeur inattendu : Saubohne. Ce dernier présente son invention, qui réduit la taille des objets. Mais elle se dérègle et Sacha, Lilie et Chrys deviennent minuscules. Saubohne recrute Motisma-Dex pour l'aider à réparer l'engin, tandis que nos héros sont projetés dans un monde où tout est gigantesque. Ils finissent par retrouver Pikachu qui, en éternuant, leur rend leur taille normale...