La machine est désormais autonome mais continue de livrer des numéros à Finch et son équipe. Reese et Saw, qui travaille maintenant avec Finch, se retrouvent ainsi à protéger Jack Salazar, seconde classe dans la Navy, qui s'est retrouvé mêlé à un trafic de diamants. Internée dans un hôpital psychiatrique, Root est également en contact avec la machine mais son médecin traitant l'empêche d'accéder aux téléphones et à tout appareil électronique. Rétrogradée au rang d'agent de police depuis l'affaire de la fusillade orchestrée par le HR, Carter a ses propres centres d'intérêt. Elle n'a d'ailleurs pas parlé à Finch et à Reese de son association avec un ancien numéro...