Parce que les meilleurs limiers du FBI baissent parfois les bras devant des affaires insolubles, le Bureau fédéral a mis en place une cellule spéciale chargée de se pencher tout particulièrement sur les enquêtes non résolues. Les agents spéciaux Fox Mulder et Dana Scully font partie de ces investigateurs d'un genre particulier. Grâce à leur sagacité hors du commun, ils parviennent à retrouver la trace d'un scientifique de l'Allemagne nazie, resté jusqu'alors d'une discrétion exemplaire. A leur grande surprise, celui-ci profite de leur rencontre pour leur révéler un secret absolument incroyable...