L'agent Fox Mulder a disparu dans des circonstances inexplicables. Incroyable aussi l'histoire survenue à Scully: elle prétend avoir été enlevée par des invidus qui l'ont soumise à des expériences médicales. Depuis elle est enceinte. Alvin Kersh, le nouveau directeur du FBI, et John Doggett, récemment nommé chef de la commission d'enquête, lancent une véritable chasse à l'homme pour retrouver Mulder. Ils s'opposent aux théories sur les extraterrestres de Skinner et Scully. Ainsi, ces derniers décident de mener, en parallèle, leurs propres recherches. Dans le désert de l'Arizona, ils découvrent des traces qui trahissent des activités d'ovnis...