A New York, une défaillance des systèmes informatiques du FBI engendre des fuites d'informations qui sont rendues publiques. Caleb demande à son père, le directeur adjoint du FBI, de creuser une piste prouvant l'innocence d'Alex tandis que cette dernière, toujours en fuite, pense qu'une autre bombe est cachée quelque part en ville. Auparavant, au cours d'un exercice au siège du FBI, Alex subtilise le dossier de son père et apprend que, sous son autorité, une dizaine d'années plus tôt, O'Connor et d'autres agents, aujourd'hui à la tête de l'agence, n'ont pas réussi à empêcher un attentat à Omaha...