Alex Parrish et d'autres jeunes recrues intègrent la prestigieuse école de formation du FBI de Quantico. Pour leur premier exercice, l'agent Liam O'Connor les charge d'enquêter les uns sur les autres, à la recherche d'informations qu'ils auraient cachées. Neuf mois plus tard, Alex Parrish reprend connaissance dans les décombres de la gare centrale de New York, et se retrouve bientôt suspectée d'être le cerveau de la plus grosse attaque terroriste commise sur le sol américain depuis le 11 septembre 2001. De nombreuses preuves l'accablent. Miranda Shaw, sa principale formatrice, tente de l'aider, persuadée que son élève est innocente...