Les ninjago vont une nouvelle fois devoir affronter leur ennemi juré. Overlord a survécu à leur dernier combat sous forme d'un virus informatique emprisonné dans le digiverse. Ce dernier va parvenir à s'échapper et semer la terreur en créant un nouvel ennemi extrêmement puissant : les nindroids. Dans cette troisième saison, les ninjas vont devoir se surpasser afin de repousser cette nouvelle menace !