Les élèves de l'école Pokémon pêchent sur un récif et Sacha et Néphie s'aventurent un peu plus loin dans la mer, dans les bulles d'eau d'Otarlette. Soudain, ils rencontrent Kyogre, le Pokémon Légendaire. Ils se rendent compte qu'il a été empoisonné et qu'il est poursuivi par de sinistres chasseurs de Pokémon...