Depuis les accords de Sokovie, le S.H.I.EL.D. n'a plus besoin d'opérer dans l'ombre et a connu de grands bouleversements. L'équipe a été démantelée et un nouveau directeur est à sa tête. Jemma conseille le nouveau dirigeant. Coulson, redevenu agent de terrain, fait équipe avec Mack, et May constitue une équipe de frappe d'élite. Désormais connue sous le nom de «Quake», Daisy pourchasse, seule, les membres de la Fraternité Aryenne. Lors de sa traque, sa route croise celle de Ghost Rider, un tueur en série animé d'un esprit de vengeance. Fitz, lui, découvre les travaux secrets de Radcliffe, contraires aux conditions de sa liberté conditionnelle. Il met au point un androïde très évolué, surnommé Aïda, destiné à servir de bouclier aux agents du S.H.I.E.L.D...