Le vaisseau spatial Le Destiny et son équipage continuent leur traversée de l'Univers. En route, ils doivent surmonter de nombreux obstacles, en commençant par se débarrasser de l'Alliance luxienne qui vient de les prendre en otages. Des tensions internes voient le jour, accentuées par un rationnement qui s'amenuise. Dans cette deuxième saison, le Colonel Young et ses militaires repartent pour des aventures interstellaires dans le but de trouver un nouvel endroit où poser enfin leurs valises. Stargate Universe est la troisième série, et peut-être la plus sombre, de la franchise de Science-fiction Stargate. Rush et Young partent explorer un vaisseau abandonné, repéré par les radars du Destinée. A bord, ils découvrent la salle de contrôle et des capsules d'aliens vides, quand soudain le vaisseau se détache de l'orbite du Destinée. Rush ne peut rien faire. La seule capable de sauver la situation est Amanda Perry, que l'équipage fait venir grâce aux pierres de communication et par l'intermédiaire du corps de Ginn. Surpris en pleine conversation secrète avec Amanda, Rush est obligé d'avouer qu'il a réussi à pirater le code du vaisseau...