Alors que leur base est attaquée, un groupe de civils et militaires part en catastrophe à bord du vaisseau spatial Destiny et tente de rejoindre la Terre. Rapidement l'air commence à manquer au sein du vaisseau et les réserves d'électricité s'amenuisent dangereusement, des décisions importantes vont alors devoir être prises. La survie de l'équipage s'annonce de plus en plus compliquée, pendant que leur destination est toujours inconnue. La série Stargate Universe, spin-off de la série "Stargate SG-1", récompensé par sept Gemini Awards, est devenue un incontournable pour les fans de science-fiction. Depuis leur retour du vaisseau alien, Rush et Chloe font d'horribles cauchemars. Rush pense que les extraterrestres ont caché un traceur subspatial sur le Destinée, leur permettant de les localiser à tout moment. Tandis que le colonel Young et le lieutenant Scott explorent la coque du vaisseau, les civils, menés par Rush et Wray, opèrent un coup d'Etat et prennent le commandement des mains des militaires...