Le vaisseau spatial Le Destiny et son équipage continuent leur traversée de l'Univers. En route, ils doivent surmonter de nombreux obstacles, en commençant par se débarrasser de l'Alliance luxienne qui vient de les prendre en otages. Des tensions internes voient le jour, accentuées par un rationnement qui s'amenuise. Dans cette deuxième saison, le Colonel Young et ses militaires repartent pour des aventures interstellaires dans le but de trouver un nouvel endroit où poser enfin leurs valises. Stargate Universe est la troisième série, et peut-être la plus sombre, de la franchise de Science-fiction Stargate. Le colonel Young, abattu par son divorce, fait chaque nuit le même rêve aboutissant toujours à la destruction totale du Destinée. Ce n'est que lorsqu'il se reprend en main que le vaisseau reprend sa route. De son côté, Eli fait équipe avec Ginn, membre de l'alliance luxienne, pour avancer dans ses recherches, qui stagnent...