Le vaisseau spatial Le Destiny et son équipage continuent leur traversée de l'Univers. En route, ils doivent surmonter de nombreux obstacles, en commençant par se débarrasser de l'Alliance luxienne qui vient de les prendre en otages. Des tensions internes voient le jour, accentuées par un rationnement qui s'amenuise. Dans cette deuxième saison, le Colonel Young et ses militaires repartent pour des aventures interstellaires dans le but de trouver un nouvel endroit où poser enfin leurs valises. Stargate Universe est la troisième série, et peut-être la plus sombre, de la franchise de Science-fiction Stargate. Scott s'inquiète pour Chloe, qui a un comportement de plus en plus étrange. En lisant son journal intime, il découvre qu'elle écrit en ancien. Elle aurait subi une manipulation génétique par les aliens qui la transformerait petit à petit en l'une des leurs. Rush profite de la situation pour lui faire déchiffrer des équations. De son côté, Eli utilise les pierres de communication pour rendre visite à sa mère, mourante...