Un scientifique américain projette de vendre une arme biologique secrète, d'une puissance incroyable, à des terroristes. Le chef de ce groupe de criminels envisage d'utiliser cette arme comme moyen de pression sur l'ensemble de la planète. Lors de la livraison de l'arme aux terroristes, Gordon Holt, un agent double, a été contaminé. L'équipe de Mission impossible doit agir au plus vite et tenter de neutraliser les détenteurs de cette substance mortelle...