De retour de leurs vacances sur l'île d'Okinawa, les élèves de la classe 3–E réintègrent leur école pour un nouveau semestre. Entre l'obtention de leur diplôme, leur mission d'assassinat et le directeur, Gakuhô Asano, qui prépare déjà un mauvais coup, cette rentrée promet d'être mouvementée...