Dans une petite communauté rurale, un adolescent de 16 ans quitte précipitamment son domicile après avoir reçu un mystérieux appel téléphonique. Sa mère, inquiète de ne pas le voir rentrer, alerte la police. Peu de temps après, le jeune homme est retrouvé à demi-nu, en état de choc. Le shérif local suspecte les membres d'une secte, «l'Eglise du musée rouge». Mais Mulder suit une autre piste...