Une procédure de quarantaine se déclenche soudain sur Atlantis. Les membres de l'équipe sont bloqués dans diverses parties de la cité et tentent de comprendre les raisons de la mise en route de ce système automatique de sécurité. Bien vite, la survie du personnel est mise en jeu. Sans possibilité de ravitaillement, les habitants de la cité coincés dans des zones inaccessibles risquent de manquer d'eau et de nourriture...