Un vaisseau-ruche Wraith entre en contact avec Atlantis. Michael, qui fait partie d'un groupe de rebelles, explique à Weir qu'il souhaite sceller avec eux une alliance. En effet, les Wraith sont en guerre civile et Michael envisage d'inoculer à ses ennemis le rétrovirus mis au point par le docteur Beckett. D'abord méfiante, Weir accepte la proposition. Sheppard et son équipe travaillent en étroite collaboration avec les Wraith et obtiennent une encyclopédie de données sur leur peuple. Au cours d'un essai, les membres d'Atlantis tombent dans un piège et comprennent que l'alliance était en fait une ruse permettant aux Wraith d'avoir accès aux coordonnées de la Terre...