Jake et le capitaine Holt, exilés en Floride et placés sous le programme de protection des témoins, tentent de s'accoutumer à leur nouvelle existence. Jimmy Figgis, alias "le Boucher", qui veut la mort d'Adrian Pimento, est toujours en liberté. Karen Haas, US Marshall, est désormais leur seul lien avec le Brooklyn 9-9. Jake cherche à s'intégrer dans sa nouvelle équipe. Mais l'anonymat du duo sous couverture est bientôt menacé...