Parce qu'un pirate ne va pas à l'école et qu'il aime l'école buissonnière, Tom a décidé de devenir un pirate. Il quitte la maison de Tante Polly, en compagnie de Huck et de Ben Rogers, et élit domicile sur une île au milieu du Mississippi. Mais Tante Polly et M. Rogers, inquiets de la disparition des enfants, alertent les autorités.