Tad O'Malley, dans son émission sur Internet, révèle qu'un virus se propage dans tout le pays. Bientôt des gens tombent malades, atteints de fièvre. Dana Scully, aidée par l'agent Einstein, tente de trouver un remède, peut-être contenu dans son code ADN. Scully est persuadée que son génome porte des variations d'origine alien. De plus, Mulder a disparu, en fait sur la piste de l'homme à la cigarette. Contactée par l'ex-agent Monica Reyes, Scully en apprend plus sur les plans machiavéliques de la propagation de ce virus...