Fan de jeux vidéo, le jeune Eli Wallace a, sans le savoir, résolu une énigme mathématique ancestrale. Cet exploit lui vaut d'être recruté par le docteur Nicholas Rush pour collaborer au projet top-secret de la Porte des étoiles. Eli est immédiatement téléporté sur la base Icare. Grâce à lui, celle-ci possède désormais assez d'énergie pour activer le neuvième chevron. Mais une attaque-surprise accélère le processus d'évacuation et ouvre une nouvelle Porte des étoiles : plusieurs personnes, dont Eli, le docteur Rush et le colonel Young, se retrouvent coincés à bord du Destinée, un vaisseau vétuste, à des millions d'années-lumière de la Terre...