Après des mois passés à travailler chacun de son côté, les «bibliothécaires» se retrouvent à New York à l'occasion d'une exposition, rassemblant des artefacts pour le compte d'un mystérieux client. Il s'avère que ce dernier est Moriarty, qui a besoin de ces objets pour son maître, le magicien Prospero. Le sorcier crée une puissante tempête qui menace Manhattan. Les Bibliothécaires tentent de la dissiper...