Baird se retrouve dans un monde grisâtre contrôlé par un organisme appelé la Compagnie où les rêves et les idées sont interdits, et où la nourriture est sans saveur et les couleurs inexistantes. Au travers d’un écran de télévision, Flynn parvient à lui faire parvenir un message enregistré. Nicole l'a kidnappé et veut anéantir la Bibliothèque. Le monde dans lequel se trouve le colonel est celui que serait le nôtre si la Bibliothèque n'avait jamais existé. Pour sauver le monde tel qu'ils le connaissent, Baird doit à tout prix garder la Bibliothèque en mémoire, seul moyen d'assurer sa survie, et trouver les autres Bibliothécaires et Flynn...