L'Agence de défense des frontières ou "Border" a été créée pour contrer les attaques des "Neighbors", des êtres aux pouvoirs mystérieux venus d'un autre monde. Osamu Mikumo, jeune recrue du Border, fait équipe avec l'un d'entre eux, Yûma Kuga, et une amie d'enfance, Chika Amatori. Ensemble, ils forment l'unité Mikumo et s'efforcent de gravir les échelons du Border en participant aux matchs de classement, afin d'intégrer le corps expéditionnaire et de partir explorer l'autre monde, "Neighborhood". C'est alors que le Border apprend que les Neighbors préparent une nouvelle offensive. Pour éviter la panique dans la ville de Mikado, qui se remet à peine de la deuxième invasion massive récemment perpétrée par Aftokrator, la plus puissante nation militaire neighbor, le Border prépare sa défense sur la base des visions de Yûichi Jin.