Alors qu'ils enquêtent sur un nouveau mystère, Scooby et ses amis tombent sur une autre équipe qui résout des mystères, les Funky Phantom. Mais au lieu de collaborer, ils n'arrêtent pas de se chamailler et l'enquête stagne. Heureusement pour eux, le fantôme d'Abraham Lincoln apparaît pour leur conseiller d'unir leur force...