Paris, 1899. Le président Félix Faure vient de mourir dans les bras de sa maîtresse, Marguerite Steinheil, dite Meg, qui se retrouve sans protecteur. Alors que la République est au bord de l'explosion, épuisée par l'affaire Dreyfus et prise en étau entre les ligues nationalistes et antisémites et la menace anarchiste, le préfet Lépine est rappelé aux affaires. Au même moment, à la préfecture, l'inspecteur Jouin est mobilisé sur une enquête d'envergure pour identifier "l'inconnue de la valise" dont le cadavre a été repêché dans la Seine.