Le seul moyen d'empêcher ce futur angoissant de se produire est de retourner dans le présent et de récupérer la perle avant qu'elle ne tombe entre les Mains d'Ashida. Mais si nos héros veulent rejoindre le passage temporel avant que le maître ne perde ce qu'il lui reste d'énergie pour le maintenir ouvert, ils vont devoir affronter Shoko qui compte bien les en empêcher. Et pour ça, elle s'est entourée de trois Ninjas-Mouraïs : Dark-Hiro, Dark Futo et Dark-Suzume. Le contre la montre est lancé….