Au XXVIe siècle, les troupes du Covenant, une alliance extraterrestre, attaque et détruit un avant-poste terrien sur la planète Madrigal. Un détachement de Spartans est envoyé au secours des survivants, qui se réduisent à la seule Kwan Ha. Au cours de la mission, John-117, le "MasterChief", découvre dans une grotte voisine un étrange artefact. En le touchant, il l'active et voit de vieux souvenirs affluer à sa mémoire. L'événement est observé par un membre du Covenant, qui se hâte de le rapporter à ses congénères.