Alors que Jane et son équipe enquêtent sur une femme retrouvée morte dans une benne à ordure, Frankie se retrouve impliqué dans une fusillade qui a éclaté dans le métro de Boston à l'issue d'une course poursuite. Il tire sur un homme posté sur le quai qui, semble-t-il, n'était pas armé. L'homme décède. Les affaires internes prennent le dossier en main pour tenter de déterminer les responsabilités de chacun. Frankie est interrogé, tandis que l'enquête perturbe les agents dans l'exercice de leurs fonctions. Dans l'appartement de l'homme, les enquêteurs découvrent des routers informatiques qui contrôlent la signalisation du métro….