1533. Après avoir trouvé une deuxième cité d'or en Chine, Esteban, Zia, Tao, accompagnés de Mendoza et ses deux marins Sancho et Pedro, se rendent au Japon à bord du Grand Condor pour en localiser une troisième. Leur quête s'annonce difficile. Les trois adolescents doivent maintenant affronter un ennemi déclaré, l'infâme Zarès, qui leur a posé un terrible ultimatum : pour revoir son père, Esteban devra livrer cette troisième Cité d'Or.