Le monde secret "Healing Garden" a guéri la Terre. Un jour, des méchants appelés "Byo-gens" attaquent Healing Garden; leur objectif est de mettre en péril la Terre, qui court maintenant un grand danger! Afin de sauver la Terre, trois animaux guérisseurs, les "stagiaires en médecine de la Terre", s'échappent de Healing Garden et partent à la recherche de partenaires humains. Avec eux se trouve Rate, la princesse de Healing Garden, qui détient un pouvoir spécial. Lorsque trois filles ordinaires rencontrent les Healing Animals, elles sont transformées en Pretty Cures afin d'affronter et de vaincre les Byo-gens.