Les X-men sont envoyés en mission dans l'espace afin de sauver la vie d'astronautes. L'opération se complique quand Jean Grey est frappée par une force cosmique. La jeune femme aurait du mourir : de retour sur Terre, elle est donc surnommée le Phoenix par les autres étudiants mutants. Elle découvre qu'elle ne peut plus contrôler ses pouvoirs et provoque le mal autour d'elle, malgré elle. La redoutable Vuk, la créatrice de cette force cosmique, manipule Jean pour qu'elle s'attaque à ses amis. Mais son affection pour elle, le professeur Xavier et Magneto veulent mettre Jean hors d'état de nuire. Seul Cyclope garde espoir et veut protéger la jeune femme...