Logan, alias Wolverine, l'éternel guerrier marginal, vit désormais reclus dans les montagnes, en deuil de la mutante Jean Grey. C'est alors qu'un personnage issu de son passé le contacte : Yashida, un riche homme d'affaires, l'invite à venir lui rendre visite au Japon. Wolverine connaît bien Yashida puisqu'en 1945, il lui a sauvé la vie lors du bombardement de Nagasaki. Yashida lui propose un marché : en échange de sa capacité à guérir, il le rendra mortel. Mais en réalité, Yashida tend un piège à Wolverine. Affaibli, celui-ci perd son pouvoir de guérison. C'est alors qu'il doit affronter de redoutables combattants, des samouraïs ultra-entraînés. Le combat semble perdu d'avance. C'est compter sans la rage et la détermination du mutant .