Il y a très longtemps, dans un lointain et mystérieux village, la cruelle reine Bavmorda règne sans partage sur le peuple des Daïkanis. Lorsqu'un magicien lui annonce la naissance de la princesse Elora, destinée à la détrôner, Bavmorda entre dans une rage folle. Craignant pour son pouvoir, elle fait tuer tous les nouveau-nés du pays. Elora échappe cependant au massacre. Elle est recueillie par Willow, membre de la communauté des Nelwyns, des petits hommes gentils et courageux. Hélas, la présence de la petite Elora menace la communauté. Willow doit ramener le bébé. En chemin, il fait la connaissance de Madmartigan, un aventurier, qui propose de lui venir en aide..