Vingt ans après la disparition de Kevin Flynn, un expert en technologie, Alan Bradley reçoit un message téléphonique de ce dernier. Sam Flynn, le fils de Kevin, est lui aussi un redoutable pirate informatique. Le jeune homme cherche depuis longtemps à élucider les mystères qui entourent la disparition de son père, entraîné dans les méandres des programmes des jeux qu'il fabriquait. Aidé par Quorra, l'amie fidèle de Kevin, Sam entreprend alors un voyage dans le cyber espace et s'engouffre dans un monde informatique plus dangereux que n'importe quel autre univers, guidé par un seul but : faire une bonne fois pour toutes revenir son père dans le monde réel..