Malgré la mort de leur chef Megatron, les Decepticons n'ont pas renoncé à vaincre les Autobots. De son côté, Sam, grâce à qui l'humanité a été sauvée de cette guerre entre robots, n'aspire qu'à retrouver une vie normale. Arrivé à l'université, il rencontre Cal, un blogueur, spécialiste des «robots aliens». Alors qu'un émissaire du gouvernement annonce à l'armée et aux Autobots qu'il compte mettre un point final à leur alliance, les Decepticons parviennent à ressusciter Megatron. Avec l'aide de Mikaela, sa petite amie, et de Cal, Sam tente à nouveau de sauver la Terre d'une catastrophe. Il trouve toutefois de très nombreux adversaires sur sa route..