L'«USS Enterprise» est parti pour une mission de reconnaissance de cinq ans. Le temps passant, les liens se sont resserrés entre le capitaine Kirk et les autres membres de l'équipage. Alors que les premières années de mission se sont déroulées sans encombre, le vaisseau est un jour attaqué par des extraterrestres d'une race inconnue. Ces derniers font de tels dégâts sur l'«Enterprise» que les hommes sont contraints de l'abandonner. Ils atterrissent sur une planète proche, où il n'y a aucune chance qu'une navette Starfleet vienne les secourir. Là, Kirk et ses hommes découvrent qu'ils vont devoir affronter un ennemi terrible : Krall.