Wilbur Wilson, un journaliste, est marié à Marissa Cortez, mais ignore tout de son passé d'ancien agent de l'OSS, l'organisation des super-espions, dont le rôle est devenu incontournable depuis la dissolution de la division Spy Kids. Ses enfants d'un premier lit, des jumeaux, Rebecca et Cecil, s'entendent mal avec leur belle-mère. Marissa reprend du service lorsqu'il apparaît qu'elle seule est en mesure d'empêcher le ténébreux «Timekeeper» de devenir le maître du monde. Cecil et Rebecca sont recrutés dans la foulée. Deux anciens Spy Kids à la renommée intacte, Juni et Carmen Cortez, sont chargés de les aider à prendre leurs responsabilités..