Au XVIIe siècle, les jésuites Rodrigues et Garupe sont envoyés au Japon afin de retrouver le père Ferreira, leur mentor qui les a guidés sur le chemin de la spiritualité. Celui-ci se cache-t-il, a-t-il été exécuté, s'est-il marié ou alors s'est-il converti au bouddhisme ? Rodrigues et Ferreira vont devoir le découvrir, à leurs risques et périls. Sur place, c'est un choc pour eux. Ils affrontent des seigneurs féodaux qui voient d'un mauvais oeil l'arrivée des deux hommes d'Eglise. Au moindre faux pas, Rodrigues et Garupe risquent de mourir noyés, brûlés ou crucifiés. C'est le sort funeste qu'ont déja subi les Japonais convertis.