Les perroquets Blu et Perla ont aujourd'hui trois enfants. Ils sont installés à Rio de Janeiro, mais Perla aimerait qu'ils vivent dans la jungle amazonienne, pour être de vrais perroquets et retrouver leurs racines. Les voilà donc partis pour un retour aux sources plein de suprises, car la vie dans la nature leur est inconnue. Ils doivent s'acclimater à leurs nouveaux voisins et oublier les facilités de la ville. Un jour, Perla retrouve son père, qui a bien du mal à accepter la présence de Blu. Les enfants, eux, sont à la fête dans ce nouvel environnement, malgré le méchant Hector qui cherche à leur faire subir de mauvais sorts.