Après la bataille de Washington, Alice est la seule survivante. Alors qu'elle a perdu ses pouvoirs, elle veut aider ce qu'il reste de l'humanité, menacée par les hordes de zombies. Elle décide de retourner à Raccoon City, là où le virus qui a transformé les êtres humains en morts-vivants s'est développé. De son côté, Umbrella Corporation veut lancer une dernière attaque contre les survivants de l'Apocalypse. Décidée à mettre Albert Wesker, le patron d'Umbrella, hors d'état de nuire, Alice apprend alors l'existence d'un rétrovirus qui permettrait d'éradiquer l'épidémie...