Sosuke habite au sommet d'une falaise qui surplombe la mer Intérieure. Un matin, il découvre un étrange poisson-fille piégé dans un bocal. Sosuke la sauve et l'appelle Ponyo. Le père de Ponyo, Fujimoto, un puissant sorcier, la ramène de force dans la mer. Mais Ponyo est bien décidée à devenir humaine...