Dominé sur tous les fronts par les Américains, le Japon est proche de la capitulation en cette année 1944. Pourtant, le major Taniguchi refuse la défaite et choisit ce moment pour charger Hiroo Onoda, un jeune soldat sans expérience, d'une délicate et périlleuse mission sur une minuscule île isolée des Philippines sous contrôle nippon. Coupé du monde, sans moyen de communication, Hiroo va finalement voir cette île devenir sa prison pour des semaines, puis des mois et des années, ignorant complètement le dénouement de la guerre à l'origine de sa présence sur place...