Madame Green n'en peut plus. Ses trois enfants ne cessent de se chamailler, son mari est parti à la guerre, son beau-frère insiste pour qu'elle se décide à vendre la ferme familiale et sa patronne a un comportement de plus en plus étrange. Pour couronner le tout, madame Green doit accueillir deux neveux insupportables venant de Londres. Et, goutte d'eau qui fait déborder le vase, le maire du village apprend à madame Green que des bombes pourraient leur tomber dessus à tout moment. Nanny McPhee fait alors un saut dans le temps pour venir en aide à cette jeune maman dépassée par les événements. Elle va devoir user de sa magie pour résoudre tous les ennuis de madame Green.