Au XVIIIe siècle, en Amérique du Sud. Le père Gabriel, un Jésuite, a fondé une mission auprès des Indiens Guaranis du Paraguay. Il est appelé auprès de Rodrigo Mendoza, un ancien trafiquant d'esclaves qu'il a connu des années plus tôt. Rongé par le remords, Mendoza avoue avoir tué son frère Felipe en duel et ne pas supporter que la loi le tienne quitte d'un meurtre qu'il ne cesse de se reprocher. Compatissant, le religieux l'emmène avec lui à la mission. Mendoza demande à entrer dans les ordres et aide le père Gabriel dans sa lourde tâche. Mais, en haut lieu, la dissolution des petites républiques libres des Guaranis a été décidée. Les deux hommes vont s'y opposer.